Goldhagen versteht seine Analyse nicht als empirische Untersuchung, bei der Fehler und Leistungen einzelner Kirchenvertreter gewichtet werden. Ihm geht es um die beispielhafte Analyse einer Institution, die bei der "eliminatorischen Verfolgung" (45) der Juden, wozu er nicht nur die Ermordung, sondern auch schon das Verdrängen aus dem öffentlichen Leben rechnet, eine Rolle gespielt hat. Die katholische Kirche hat er deswegen ausgewählt, weil sie während der NS-Zeit europaweit eine unabhängige Institution geblieben ist. Seine zentrale Frage lautet: "In welchem Sinne sind sie schuldig?", denn, so Goldhagen, "wir haben ein Recht zu urteilen" (26). Er wirft besonders deutschen Historikern vor, die NS-Verbrechen lange viel zu abstrakt erklärt zu haben statt die Täter und deren Motive zu benennen. Dass dies immer möglich gewesen sei, hätten die deutschen Richter bewiesen, die in den Prozessen über NS-Täter stets deren persönliche Schuld beurteilt haben. Die katholische Kirche, gemeint sind Papst und Klerus in Rom sowie die nationalen Kirchen, hat weitgehend zum Holocaust geschwiegen und ihn damit geduldet, wie Goldhagen unter Nennung von Ausnahmen belegt. Das Motiv für diese Haltung, die im Widerspruch zum Tötungsverbot der Bibel steht, sei der Antisemitismus gewesen, der "konstitutiv für ihre Darstellung des Lebens und Sterbens Jesu und für ihre Botschaften über Gott und die Menschheit" (346) sei. In den Evangelien fänden sich 450 eindeutig antisemitische Verse. Der Holocaust stehe in einer langen Reihe historischer Ereignisse, bei denen Juden auf Betreiben oder unter Beteiligung der Kirche unterdrückt oder ermordet wurden. Der moderne Antisemitismus habe sich vom christlichen abgezweigt, der Versuch der katholischen Kirche, einen "eisernen Vorhang" (94) zwischen ihrem Antisemitismus und dem der Nationalsozialisten zu ziehen, sei unhaltbar. Die jüngsten Bemühungen der Kirche, vom Antisemitismus Abstand zu gewinnen, seien unzureichend. In der Logik der moralischen Wiedergutmachung liege es eigentlich, dass die Unwahrheiten über Juden aus der Bibel entfernt werden müssten.